科研科1985年—1988年与医务科合属办公（称医教科），1989年—2000年与教务科合属办公（称教研科）。2001年11月正式独立为科研科。设科研副院长、科研科长。科研科主要负责医院科学技术科研项目、医院教育科研项目的管理工作。组织申报科研课题的立项推荐、科研成果鉴定、推荐申报成果奖励、成果档案管理等工作；发表学术论文的管理、科研年统计的工作管理；医院各级人员撰写论文的质量、数量；科研意识、科研水平、科研数量、科研奖励显著增加。
2000年，为解决提高在职医务人员学历层次，与佳木斯大学联合开办研究生课题班，共招收学员74名，其中我院在读42人；提高了医疗水平，加强了医院学科建设。2001年，齐齐哈尔医学院研究决定我院妇产科专业、神经外科专业被确定为申报硕士授予权申请科室并行第一次申报工作。
2002年，制定了《齐齐哈尔医学院第一附属医院学科重点学术带头人、学术骨干管理办法》；根据医院继续教育发展的需要，2002年，制定了《齐齐哈尔医学院第一附属医院继续医学教育五年发展规划》；为鼓励医院科技人员多出高质量科研成果，于同年又出台了《齐齐哈尔医学院第一附属医院科技进步奖获奖奖励办法》实行了科技进步奖对等奖励政策。
2003年，我院被聘为中华医学会吴阶平医学基金会理事单位。同年迟凤令教授被佳木斯大学聘任为研究生硕士导师，孙迎春教授、张宗泰教授被黑龙江省中医药大学聘任为研究生硕士导师。2004年，第二次妇产科专业、神经外科专业继续完成申报硕士授予权准备工作。
我院科研课题来源主要有国级七?五攻关协作科研课题、国家卫生部协作科研课题、国家中华医学会吴阶平医学基金会协作课题、黑龙江省卫生厅指导课题、黑龙江省教育厅资金课题、齐齐哈尔市科技局重点课题及指导课题、齐齐哈尔医学院院内基金课题和指导课题；总获资金23.6万、科研成果65项、获奖成果26项。