教务科于2001年11月从教研科分离出来，成为一个独立的科室，主管教学运行及管理，监控教学质量，进行师资队伍管理与建设以及教学基地建设。
一、教学情况
随着学院大规模的扩招，教学任务大幅度增加。办学层次、专业、班级数、人数、学时数、授课地点都有增加。
2002年组织编写新的5个专业19门课程的临床教学大纲。
2004年组织编写成教2个专业14门课程的临床教学大纲。
二、迎评情况
2004年11月临床一系召开迎评动员大会，成立迎评办公室。分解、细化《本科教学工作水平评估自查与建设任务分解表》，并进行整改。12月顺利通过医学院教学、迎评检查，并得到好评。
三、师资队伍管理与建设
我院设有教研室26个，每两年重新聘任一次教研室主任。教研室主任根据各教研室的实际情况，合理进行教师队伍梯队规划及建设，保证教学质量的稳步提高。对新教师采取随同高年资力教师全程听课及新教师试讲制度，对新教师进行岗前培训，合格后方可授课。
通过教研室主任定期听课及督导工作，监督控制教学质量。
2001年—2002年第二学期医院督导员共听课236人、138节、督导教师73名。
2002年—2003年第二学期开始进行教学督导工作，由内、外、妇、儿、医技专家组成督导小组，对教学质量进行监控。
2004年8月新一轮督导评估小组成立，评出医学院教学质量优秀奖6名。
四、多媒体教学
2002年多媒体教学主要采用投影及幻灯片，仅少数教师可以应用powerpoint软件制作课件。邀请哈师大教授讲授关于教学理论、方法方面的理论课，组织了一届系统课件制作培训班。
2003年多次进行课件讲座，普及电脑知识，使授课教师逐渐熟悉和应用powerpoint应用软件。
2004年以来，课件制作水平明显提高，应用软件由powerpoint逐渐向方正奥思和Authorwar过度，交互性能明显增强，一些手术片段采用录像方式播放，内容生动、直观，切实推进教育创新，全面提高我院的教学质量，使高水平多媒体课件的使用率达到65%。同年11月我院妇科学课程被授予院级精品课程称号。
五、临床模拟实验室
2003年成立临床模拟实验室，环节临床见习压力，确保教学顺利进行。至此共完成3个班级、70学时、236名学生的检体诊断实践科的教学及毕业临床技能考试工作运行状况良好。
六、教学基地建设
根据妇产专业特点，2002年以来先后开辟建华场职工医院、齐齐哈尔市第二医院、哈尔滨红十字中心医院、齐齐哈尔第一机床厂职工医院作为实习基地，由于带教质量的不同，现仅保留哈尔滨红十字中心医院、齐齐哈尔第一机床厂职工医院作为实习基地。
根据精神专业特点，2002年以来先后开辟北满钢厂职工医院和重机厂职工医院作为实习基地。